巴基斯坦政府與美國合作，在與阿富汗為鄰的西北邊界掃蕩恐怖份子，這些恐怖份子劇傳為前阿富汗塔利班政府的殘餘份子，他們逃到巴基斯坦西北邊與阿富汗的鬆散邊界，與美軍發生衝突，前些日子才用炸彈攻擊駐阿富汗的德國軍隊，除了攻擊西方盟軍之外，塔利班殘餘份子更想利用阿富汗仍然混亂的局面，重新奪回權力，就像1994年塔利班游擊隊就是從一片混亂之中，奪得統治阿富汗的權力。因此美國亟欲剷除這些殘餘，因而與巴基斯坦合作，然而巴基斯坦總統穆加拉夫（Pervez Musharraf）此舉卻造成國內的反彈聲浪。
去年秋天巴基斯坦的國會大選，宗教色彩一向不濃厚的巴國國會，讓回教色彩濃厚的政黨取得優勢，這些回教政黨進而組成政黨聯盟，在國會中發揮重大的影響力，他們希望將巴基斯坦回教化，從教育開始到日常生活中的細節，都能例行回教律法，事實上，「外交事務」期刊在2000年11/12月號一篇名為”Pakistan's Jihad Culture”的文章中，就揭露了巴國境內存在著訓練回教激進份子的學校；而當全世界都不承認前阿富汗的塔利班政府時，巴基斯坦是當時世界上三個承認塔利班的政府之一，這可以顯示出巴基斯坦與回教基本教義派的關係密切，其國內對總統派兵清除回教徒的作為，發生想當然爾的反彈。
這讓Musharraf總統陷入矛盾的情節之中。Musharraf將軍在1999年靠著軍事政變上台執政，隨後又任意修憲擴大自己的總統權力，美國在911世界發生之前，對巴基斯坦政府沒有一點好感，但911事件之後，美國為了掃蕩阿富汗的塔利班政權，需取道巴基斯坦，因而與Musharraf總統開始一段蜜月期，使得這麼一個藐視民主價值的總統，依舊安然在野。
如今為了討好美國政府，在邊界掃蕩回教徒得罪了巴國民眾；若不顧美國政府的指示，Musharraf總統政權的正當性與合法性將可能遭到美國政府質疑，並施加制裁。此外，若Musharraf總統在剷除塔利班勢力之後，並未對在喀什米爾同樣也被認為是恐怖份子的巴基斯坦回教激進份子採取行動的話，又會造成另一個矛盾，究竟他是在反恐，還是在抱美國大腿，若是反恐的話，他的雙重標準無法得到國際上的認同，若僅是在抱美國的大腿，他也將激怒巴基斯坦民眾。