亞齊省原本為蘇門達臘島上的一個回教君主國，在1871年被荷蘭殖民，當時就開始對殖民母國抗爭。在1949年，也是印尼脫離荷蘭獨立四年後，被併入印尼，當時亞齊省人民就開始發動獨立戰爭。在1959年總統蘇卡諾給於亞齊省特殊地位，並在教育、宗教上給予自治權，但和平好景不長。1976年「亞齊自由運動」（Free Aceh Movement, GAM）成立，暴動與鎮壓紛起，持續至今。
印尼總統梅嘉娃蒂（Megawati Soekarnoputri）於5月20日，正式尋求國會支持武裝鎮壓人口400萬、且有天然氣資源的亞齊省分離運動，這個分離運動已長達27年，且奪走至少10000條人命，在印尼人長久擺不平亞齊省動亂之下，多數人支持鎮壓亞齊的獨立運動，印尼的鎮壓行動也被視為現任總統梅嘉娃蒂明年總統大選的支票。
不像之前賦予東帝汶省（East Timor）公投自決，印尼政府顯然不願繼續談判，深怕若亞齊省最終獨立，相會使印尼的眾多島嶼都要尋求獨立，那印尼國土將分崩離析。
亞齊獨立運動中的要角為「亞齊自由運動」（Free Aceh Movement, GAM），亞齊省人權份子Aguswandi20日於雅加達郵報撰文分析GAM的組成份子，由此可看出亞齊分離運動的來龍去脈。GAM從來不認為亞齊省是印尼的領土，更認為當初荷蘭將亞齊省交還給當時總統蘇卡諾（Sukarno）是不合法的，因此長期推動分離運動，正因這種過於敏感的政治訴求，造成亞齊省人民遭印尼政府鎮壓，更使得亞齊省人民藉由分離運動來對抗印尼政府，印尼政府在失去了東帝汶之後，當然不願再失去亞齊省，深怕造成各島嶼的連鎖分離反應。
如今印尼政府與亞齊省和平談判破裂，甚至已經派軍艦在亞齊省外虎視眈眈，看來一場嚴重的衝突鎮壓是躲不過，更嚴重的是，雖然根據Aguswandi指出GAM中有溫和派與激進派，但印尼政府將他們全都視為恐怖組織了，對其強力鎮壓的結果，只會造成GAM更頑強的抵抗，將仇恨全都加諸於印尼政府身上。